全州药材资源丰富，分植物、动物、矿物三大类共710种，其中植物药82科579种，动物药52科105种，矿物药26种。
在全国统一规定普查的363种药材品种中，州境有82种，其中植物药63种，即：白芍、党参、红花、丹皮、北沙参、枸杞子、贝母、白扁豆、黄芪、大黄、百合、甜杏仁、款冬花、天仙子、桃仁、苦杏仁、牛蒂子、佛手参、秦艽、青川椒、薄荷、旋覆花、萱草根、瞿麦、远志、赤芍、葶苈子、南沙参、甘草、玉竹、黄精、羌活、薄黄、五加皮、苍耳子、麻黄、透骨草、老鹳草、扁蓄、马勃、水红花子、艾叶、草鸟、柏子仁、冬蔡子、升麻、茜草、骨碎补、甘松、地榆、贯众、葫芦巴、仙鹤草、木贼、急性子、狼毒、益母草、北柴胡、瓦松、地肤子鹤虱、刀豆、马尾莲、香薷、冬虫夏草、侧伯叶、茺蔚子、天门冬；动物药6种，即：鹿茸、五灵脂、麝香、全蝎、蟾酥、露蜂房；矿物药8种，即：石燕、石蟹、炉甘石、雄黄、朱砂、石膏、寒水石、禺粮石。
在青海省增定调查的47种重点药材中，州境有36种，其中植物药21种，即：藏茵陈、湿生扁蕾、花锚、杜鹃、唐古特山莨菪、茶绒、沙棘、雪莲、黄刺皮、麻黄根、车前草、车前子、败酱草、牵牛子、菜菔子、芥子、地骨皮、蒲公英、大蓟、火麻仁；动物药13种，即：鸡内金、熊胆、熊掌、熊骨、豹骨、牛黄、牛肾、牛胆汁、羊胆汁、牛羊草结、鹿角、鹿肾、鹿鞭；矿物药2种，即，龙骨、磁石。
药材储量，据普查资料测算，全州三大类药材年储量约有5055万多公斤，其中植物药材4584万多公斤，家种药材327万多公斤，动物药材77万多公斤，矿物药材67万多公斤。生长在青藏高原海拔3900米左右高山草甸地带的名贵药材冬虫夏草，当今被全世界公认为“东方珍宝”，受到商贾和需求者的青睐。
